Целями деятельности Учреждения являются сохранение природных комплексов, уникальных и эталонных природных участков и объектов, а также восстановление нарушенных природных и историко-культурных комплексов и объектов, расположенных на территории заповедника, экологическое просвещение населения, разработка и внедрение научных методов охраны природы и экологического просвещения, осуществление государственного экологического мониторинга, а также создание условий для регулируемого туризма и отдыха.